В 1663 году у сторожевого пункта возвели деревянную крепость, сохранившую название и архитектуру сегодня. С нее началось развитие города, который стал домом ремесленников и землевладельцев, возводивших свои слободы вокруг крепости. Позже границы выдвинули на юг и Богородицк полностью потерял свое военное предназначение.
Территория считалась городским поселением, в 1763 году ее переименовали в село Богородицкое. В 1765 году землю объединили с соседним селом, так была создана волость Екатерины II. В 1768 году приняли решение называть поселение слободой, но уже в 1777 году Богородицку вернули ранг города.
В промежутке 1771—1784 годов для графов Бобринских у территории Богородицкой крепости возвели дворцово-парковый ансамбль. Затем все снова поменялось. В 1797 году Павел I признал территорию безуездным городом, но уже в 1802 году Богородицк вернул свой независимый статус.
В период 1936-1944 годов Богородицк признали центром Товарковского района.